מעכבים

יש להגדיר את המבנה, והסינתזה שלו צריכה להיות ניתנת לשחזור. הימנע מחלקים רעילים נפוצים ומחלקים מפריעים ל-מבחן (PAINS). כמו כן, הימנע מקבוצות תגובתיות כימית, אלא אם כן נדרש, כגון עבור סמל יציבות הוספה קוולנטית יש לשמור על יציבות (טוהר וזהות כימית) במדיה רלוונטית תוך שימת לב לכל רגישות pH. הפעילות צריכה להישאר במדיה התרבותית. המולקולה לא אמורה להפגין תגובתיות כימית לא-ספציפית (למשל, תגובות חיזור או ערעור יציבות של הממברנה).

IC50 ו-Ki הן הדרכים הנפוצות ביותר לציון עוצמת מעכבים. בהקשר של עיכוב אנזים, IC50 מציין את הריכוז של מעכב הנדרש להפחתת קצב התגובה האנזימטית ב-50% בתנאי הניסוי הנתונים. Ki מציין את היחס בין יצירת קומפלקס מעכב-מטרה (koff) לבין יצירת קומפלקס מעכב-(kon) לקשירת המעכב לאנזים. המונח Ki הוא קבוע שיווי משקל תרמודינמי ולכן הוא ערך קבוע. IC50, לעומת זאת, הוא ייצוג של עיכוב בסט מוגדר של תנאים וישתנה בהתאם לגורמים כגון ריכוז המצע הקיים בהגדרת התגובה. במקרה של מעכבים תחרותיים, ניתן לקשר את IC50 ל-Ki באמצעות משוואת Cheng-Prusoff: IC50=Ki*(1+[S]0/Km). זהו כלי שימושי מבוסס{17}}אינטרנט להמרת ערכי IC50 לערכי Ki באמצעות מודלים שונים של קישור מעכבים.

Profiling will define the selectivity for related targets, which is often a more critical factor than potency. Typically, in biochemical assays, a factor of >עוצמה של פי 10-100- עבור היעד מול בני משפחה אחרים מגדירים מעכב כסלקטיבי עבור יעד זה. מעכבים שנועדו להיות סלקטיביים עבור יעד העניין שלך עשויים עדיין לקשור חלבונים אחרים בריכוזים גבוהים יותר. חשוב להיות מודעים לפעילויות נוספות הקשורות למחלקה כימית מסוימת. ניתן לתכנן ניסויי בקרה שליליים כדי להוכיח שהמעכב אינו משנה ביעילות את התפקוד של חלבונים מחוץ למטרה בריכוז המשמש לעיכוב היעד הרצוי. בקרות שליליות שקולות היטב כגון חשיפת תאים או חלבונים רק לממס או החלפת אנלוגים מבניים לא פעילים קרובים, כגון סטריאואיזומרים R/S, עוזרים לאשר את השפעת המעכב.

מנגנון הפעולה חשוב כדי להגדיר עוד יותר את אופי המעכב על מנת לקבוע כיצד מצעים טבעיים בריכוזים פיזיולוגיים ישתנו את יעילות המעכבים וכדי לזהות פגיעות הקשורות למנגנון זה. אירועי עיכוב פוטנציאליים כוללים: המעכב קושר את האנזים, לעתים קרובות באמצעות התקשרות קוולנטית, אשר משביתה אותו באופן בלתי הפיך. בעוד שמעכבים בלתי הפיכים הם בדרך כלל קוולנטיים, מעכבים לא-קוולנטיים יכולים לפעמים להיות ארוכים כל כך עד שהם פועלים כמעכבים בלתי הפיכים.